В XVI веке за улицей, начинавшейся у подножия кремля, закрепилось название Проломной, т.к. в районе нынешней Богоявленской церкви в результате взрыва был сделан пролом в посадской стене, через который армия Ивана Грозного устремилась в город. Позже, на месте пролома были установлены ворота, получившие название Нижних Ногайских, в народе называемых "Проломными". Во второй половине XVII века впервые отзвонили благовест в новой деревянной церквушке, которую поставили на месте бывших Проломных ворот. И еще очень долгое время Богоявленскую церковь называли церковью у Проломных ворот, даже когда давно уже не стало ни крепостных стен, ни самих ворот.

В 1731 году на месте деревянной церкви, на средства купцов И.Михляева и С.Чернова началось строительство каменной церкви. Закончена она была лишь в 1756 году. К ее северной стене примыкала Андреевская церковь постройки 1701 года.

В 1897 году на средства купца Кривоносова была построена новая колокольня, высотой 62 метра. Причем до 1908 года у церкви было 2 колокольни: по одной с каждой стороны. Но при расширении церкви старую колокольню решено было разобрать.

На строительство новой колокольни ушло почти 2 000 000 кирпичей, стоимость работ составила 50 тысяч рублей. Есть версия, что проект колокольни составил архитектор М.Михайлов, другие считают, что он был только руководителем работ, а автор - архитектор Г.Руш. Однако, до сих пор краеведы не могут прийти к единому мнению.

Как большинство сооружений религиозного культа, после революции Богоявленская церковь была закрыта и использовалась под складские помещения, примыкающая к ней Андреевская церковь была разобрана в 30-е годы XX века, а в колокльне практически до конца века находилась мастерская по ремонту очков.

В 1996 г. церковь была возвращена верующим, но почему-то без колокольни, в которой разместили камерный концертный зал.